Filogenez (yun. phylon — avlod, qabila ), filogeneya — tirik organizmlar hamda ular taksonomik guruhlari: olam, tip (boʻlim), sinf, turkum (tartib), oila, avlod (turkum, urugʻ) va turlarning tarixiy taraqqiyoti. "Filogenez" termini nemis olimi E. Gekkel tomonidan fanga kiritilgan (1866). Biologiyaning Filogenez vauning qonuniyatlarini oʻrganadigan boʻlimi filogenetika deyiladi. Filogenezni tadqiq qilish evolyutsiyaning umumiy nazariyasini rivojlantirish, organizmlarning tabiiy sistemasini tuzish uchun zarurdir. Filogenetikaning xulosalari tarixiy geologiya uchun ham juda muhimdir. Gekkel Filogenezni tadqiq qilish uchun paleontologiya, solishtirma anatomiya va embriologiya dalillarini taqqoslovchi uchlik parallelizm metodini taklif etgan. Filogenetikada genetika, biokimyo, molekulyar biologiya, etologiya, biogeografiya, fiziologiya, parazitologiya dalillaridan keng foydalanilmoqda. Bu dalillar turdan yuqori boʻlgan har qanday taksonlar evolyutsiyasi borishini katta aniqlik bilan tiklash imkonini beradi. Muhit sharoiti bir xil boʻlmagan, har xil biotik va abiotik omillar qurshovida turli guruxdardagi evolyutsion jarayonning borishini taqqoslash tarixiy taraqqiyotda katta guruhlarga xos umumiy xossalarni aniqlash imkonini beradi. Guruhlar evolyutsiyasining barcha xususiyatlari individlarning morfofiziologik tomonlarini oʻrganish asosida aniqlanadi. Aksariyat guruhlar Fizologenezi adaptiv radiatsiyaga, yaʼni belgilarning dastlabki umumiy formadan raduis boʻylab har tomonga tarqalish xarakteriga egadir. Oʻsimlik va hayvonlar Filogenezi shajara daraxtini chizish yordamida tasvirlab beriladi. Shajara daraxti oʻsimlik va hayvonlarning umumiy bir ildizdan kelib chiqqanligi; turli xil formalar Yerdagi hayot tarixining har xil davrlarda shoxlanish orqali asta-sekin taraqqiy etganligini aks ettiradi. Organizmlar filogenetik qayta tuzilishlarining adaptiv xarakterini belgilovchi asosiy kuch tabiiy tanlanish hisoblanadi. Filogenetik shajara barcha oʻzgarishlarning birlamchi negizida divergensiya va filetik evolyutsiya, soʻng esa parallelizm va konvergensiya yotadi.

Organizm har xil guruhlarining Filogenezi bir xilda oʻrganilmagan, bu qazilma qoldiqlarning har xil darajada saqlanganligi va mazkur guruhlarning qanchalik qadimiyligi bilan bogʻliq. Umurtqali hayvonlar (ayniqsa, yuksak guruhlari) va yuksak oʻsimliklar Filogenezi, umurtqasiz hayvonlardan esa mollyuskalar, ignaterililar, boʻgʻimoyoqlilar Filogenezi nisbatan yaxshi, prokariotlar va tuban oʻsimliklar Filogenezi kamroq oʻrganilgan.