1964-1967, 1989-1990-yillari „Spartak“, 1969-1974-yillari „Andijanets“, 1983-1985-yillari "To'qimachi", 1986-1988-yillari „Paxtakor“, 1991-1996-yillari „Navroʻz“ va 1997-yildan boshlab „Andijon“ nomlari ostida chempionatlarda ishtirok etishni boshlagan. 1964-1970, 1973-1974, 1986-1991-yillari Sovet Sotsialistlik Respublikalar Ittifoqi chempionatida ishtirok etgan. 1992-yildan 2004-yilgacha Oliy ligasiga, 2005-yildan boshlab Birinchi ligasida, 2006-yili yana Oliy ligaga qaytgan jamoa, 2008-yilda o'z tarixidagi eng yaxshi 5-o'rinni qo'lga kiritdi. 2012-yili esa Oliy ligani tark etib bir mavsumni Birinchi ligada o'tkazdi. 2015-yilgi mavsumni 13-pog'onada yakunladi.
2012-yil 22-avgustda klub yuqori divizionda qolishiga yordam berish uchun, bosh murabbiy sifatida Azamat Abduraimov tayinlandi, biroq klub O'zbekiston Birinchi Ligasiga tushib ketdi. Klub Oʻzbekiston Birinchi Ligasidan keyin ikkinchi oʻrinni egallab, Birinchi ligada bir yildan soʻng “Oʻzbekiston Ligasi”ga koʻtarildi. 2013-yilgi mavsumning birinchi yarmidan so‘ng “Andijon” atigi 4 ochko bilan chempionatda 14-o‘rinda edi. 2014-yil 14-iyun kuni "Bunyodkor"ga qarshi o‘yinda 1:2 hisobida mag‘lub bo‘ldi. Oradan bir necha kun o'tib, 2014-yil 20-iyunda Azamat Abduraimov iste'foga chiqdi. Klubga vaqtinchalik Ildar Mamatkazin vaqtincha bosh murabbiy etib tayinlandi. 2014-yil 26-sentyabrda Edgar Gess klubning yangi bosh murabbiyi etib tayinlandi.
UZB Jurʼatbek Quvvatov
RUS Viktor Kumikov
Aleksandr Averyanov (1986–87)
Karim Moʻminov (1992)
Serhiy Shevchenko (1997–99)
Hakim Fuzailov (2003)
Edgar Gess (2006–07)
Ishtvan Sekech (2007)
